AI/ML 研究手册

主题

A - 工具链配置 ​

Zotero, Obsidian, LaTeX, 本地研究工作台，以及按流程选择工具

按流程选工具 ​

这一附录主要回答两个问题：

  • 本地工作台怎么搭起来
  • 每个研究阶段优先打开什么工具

如果你在找的是“可单独运行的自动化科研项目”或“可复用的研究型 skill”，请直接看 附录 D。

阶段本地基础工具可叠加的研究工具
文献调研Zotero, ObsidianPaSa, PaperQA2, Open Deep Research, GPT Researcher
想法生成Obsidian, 白板, issue trackerThe AI Scientist, HypoGeniC
新颖性验证Zotero, 本地 PDF, 对比表格PaperQA2, Scholar QA
实验执行Python, uv, Git, W&B/MLflow自动化实验脚本、Agent 执行器
结果分析Jupyter, matplotlib, pandas结果归纳 agent、审稿模拟器
写作与审稿LaTeX, BibTeX, 语法检查ARIS review loop, AI Scientist review

建议的工作目录 ​

如果你希望把“人类工作流”和“智能体工作流”放在同一个项目里，建议至少区分这些目录：

text
project/
├── papers/              # PDF、相关工作
├── notes/               # 文献笔记、想法记录
├── artifacts/           # novelty report, pilot log, review memo
├── experiments/         # 代码和配置
├── results/             # 原始结果和汇总结果
├── paper/               # 论文草稿
└── scripts/             # 自动化脚本

关键不是目录名，而是：每个阶段都要留下可复查的产物。

Zotero — 文献管理 ​

安装 ​

工作流 ​

1. 浏览器发现论文 → 点击 Zotero Connector → 保存到 Zotero
2. Zotero 自动提取：标题、作者、年份、摘要
3. 添加标签、笔记
4. 导出 BibTeX

常用功能 ​

功能用途
Collections按项目组织论文
Tags标记主题、状态
Notes记录你的理解
Search快速查找
Export导出 BibTeX

Better BibTeX 插件 ​

安装后可以：

  • 自动生成 citation key
  • 保持 BibTeX 同步
  • 支持 Obsidian 集成

安装：

  1. Zotero → Tools → Add-ons
  2. 搜索 "Better BibTeX"
  3. 安装

导出 BibTeX ​

  1. 选择 Collection
  2. File → Export Library
  3. 格式选择 "BibTeX"
  4. 保存到 references.bib

Obsidian — 知识管理 ​

安装 ​

结构 ​

vault/
├── 00-inbox/          # 快速捕捉
├── 01-projects/       # 项目笔记
├── 02-literature/     # 文献笔记
├── 03-concepts/       # 概念卡片
├── 04-templates/      # 模板
└── attachments/       # 附件

文献笔记模板 ​

markdown
# {{title}}

## Metadata
- Authors: {{authors}}
- Year: {{year}}
- Venue: {{venue}}
- URL: {{url}}
- Tags: #paper #{{topic}}

## Summary
[1-2 句总结]

## Key Points
- Point 1
- Point 2
- Point 3

## Method
[方法描述]

## Results
[关键结果]

## Thoughts
[你的想法]

## Questions
- Question 1?
- Question 2?

## Related
- [[Related Paper 1]]
- [[Related Paper 2]]

Zotero 集成 ​

使用插件 "Zotero Integration"：

  1. 在 Zotero 中选中论文
  2. 在 Obsidian 中插入模板
  3. 自动填充元数据

Dataview 插件 ​

查询笔记：

dataview
TABLE authors, year, venue
FROM "02-literature"
WHERE contains(tags, "diffusion")
SORT year DESC

LaTeX — 论文写作 ​

安装 ​

选项 1：完整 TeX 发行版

  • TeX Live (Linux/Windows)
  • MacTeX (macOS)

选项 2：在线编辑器

  • Overleaf（推荐新手）

编辑器 ​

编辑器特点
VS Code + LaTeX Workshop免费，功能强大
Overleaf在线，协作方便
TeXstudio传统，稳定

VS Code 配置 ​

json
// settings.json
{
    "latex-workshop.view.pdf.viewer": "tab",
    "latex-workshop.latex.autoBuild.run": "onFileChange",
    "latex-workshop.latex.recipe.default": "latexmk"
}

编译 ​

bash
# 单次编译
pdflatex main.tex

# 完整编译（包含引用）
pdflatex main.tex
bibtex main
pdflatex main.tex
pdflatex main.tex

# 或用 latexmk（自动）
latexmk -pdf main.tex

Makefile ​

makefile
PAPER = main

all:
	latexmk -pdf $(PAPER).tex

clean:
	latexmk -c
	rm -f *.bbl *.aux *.log *.out

watch:
	latexmk -pvc -pdf $(PAPER).tex

Git — 版本控制 ​

初始化 ​

bash
git init
git add .
git commit -m "Initial commit"

.gitignore ​

gitignore
# LaTeX
*.aux
*.bbl
*.blg
*.log
*.out
*.synctex.gz

# Python
__pycache__/
*.pyc
.ipynb_checkpoints/

# Data
data/
*.pkl
*.pt

工作流 ​

bash
# 日常提交
git add .
git commit -m "Add method section"

# 查看历史
git log --oneline

# 恢复
git restore -- filename

其他有用工具 ​

Python 环境 ​

推荐优先顺序：

  1. uv（默认推荐）：轻量、快、适合 paper / pilot 项目
  2. conda / mamba：需要更重的系统依赖、CUDA 绑定或跨语言库时
  3. venv：最基础 fallback

uv（推荐） ​

bash
# 安装并固定 Python
uv python install 3.11

# 创建虚拟环境
uv venv --python 3.11

# 激活环境
# Windows PowerShell
.venv\Scripts\Activate.ps1
# Linux / macOS
# source .venv/bin/activate

# 添加依赖
uv add pyyaml pandas rich

# 运行脚本
uv run python scripts/run_pilot.py --config configs/pilot/base.yaml

# 根据 lockfile 同步依赖
uv sync

适合场景：

  • Pilot 实验项目
  • 单论文仓库
  • 需要快速复制环境给合作者或智能体
  • 想把依赖放进 pyproject.toml 和 lockfile，而不是散落在手写命令里

Conda / mamba ​

bash
# Conda
conda create -n paper python=3.10
conda activate paper

# 或 mamba
# mamba create -n paper python=3.10
# mamba activate paper

venv ​

bash
python -m venv venv
venv\Scripts\Activate.ps1   # Windows PowerShell
# source venv/bin/activate  # Linux/macOS

实验跟踪 ​

工具特点
TensorBoard轻量，集成 PyTorch
Weights & Biases功能强大，云端
MLflow开源，自托管

图表制作 ​

工具用途
matplotlibPython 绑定图表
seaborn统计图表
plotly交互图表
draw.io示意图
PowerPoint简单图

AI 辅助 ​

工具用途
Claude写作辅助
Grammarly语法检查
DeepL翻译

更完整的 AI/ML 研究工具入口见：附录 D

检查清单 ​

工具安装配置
Zotero✅Better BibTeX
Obsidian✅Zotero Integration
LaTeX✅编辑器选择
Git✅.gitignore
Python✅虚拟环境

提示：工具只是工具，不要花太多时间配置。先开始写，遇到问题再解决。